O Ναός της (Αθηνάς) Αφαίας βρίσκεται στην Αίγινα, στο ιερό αφιερωμένο στην ομώνυμη θεότητα. Βρίσκεται σε ύψος 160 μέτρων στην ανατολική πλευρά του νησιού. Το ιερό επίσης βρίσκεται 29 περίπου χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της Ακρόπολης των Αθηνών.

Ο ναός που σώζεται σήμερα χρονολογείται γύρω στο 500-490 π.Χ.: είναι ο δεύτερος, καθώς ο πρωιμότερος δωρικός χρονολογείται στο 570-560 π.Χ. και καταστράφηκε από πυρκαγιά γύρω στο 510 π.Χ. Βαθμιαία το ιερό της Αφαίας παρήκμασε μετά και την αθηναϊκή κυριαρχία στην Αίγινα και μόνο κάποιες επισκευές έγιναν τον 4ο αι. π.Χ. Μέχρι το τέλος του 2ου αιώνα είχε πια εγκαταλειφθεί. Ο ναός θεωρείται ως κορυφαία δημιουργία της αρχαϊκής αρχιτεκτονικής και πιστεύεται ότι αποτέλεσε το ναό πρότυπο για τους αρχιτέκτονες του Παρθενώνα, Ικτίνο και Καλλικράτη.

Στο πλάτωμα του υψώματος στα βορειοανατολικά του νησιού, φαίνεται ότι είχε ιδρυθεί ένας μικρός ναός που δεν σώζεται κανένα ίχνος του. Ανακαλύφθηκε κατά τις ανασκαφές, στα θεμέλια του βωμού, που υπήρχε εμπρός από τον ναό.